Air kencing pesakit adalah normal, dan jangkitan bukanlah punca utama fibrosis dinding pundi kencing. Sesetengah sarjana percaya bahawa halangan limfa yang disebabkan oleh pembedahan atau jangkitan pelvis adalah punca, tetapi ramai pesakit tidak mempunyai sejarah sedemikian. Sarjana lain telah mencadangkan bahawa ia disebabkan oleh trombophlebitis yang disertai oleh jangkitan akut pada pundi kencing atau organ pelvis, atau disebabkan oleh-kejang jangka panjang arteri kecil yang disebabkan oleh tekanan mental, dan mungkin juga berkaitan dengan faktor endokrin. Bukti yang luas menunjukkan bahawa cystitis interstisial adalah penyakit kolagen autoimun. Peranan sel mast dan glikosida asid amino permukaan pundi kencing dalam cystitis interstisial telah menarik perhatian, dan beberapa penyelidik sedang menjalankan kajian dalam bidang ini.
Pesakit sering mengalami-kekerapan kencing progresif jangka panjang, mendesak dan nokturia. Kesakitan di kawasan suprapubik adalah ketara apabila pundi kencing penuh, dan kadangkala sakit uretra dan perineum juga mungkin berlaku, yang lega selepas membuang air kecil. Hematuria mungkin kadang-kadang berlaku, dan lebih ketara apabila pundi kencing terlalu terisi dan mengembang. Sesetengah pesakit mungkin mempunyai sejarah penyakit alahan.
