Cystoscopy di bawah bius boleh mendiagnosis cystitis interstitial. Pada mulanya, penampilan dan kapasiti pundi kencing adalah normal, tetapi selepas pundi kencing mengisi, mengosongkan, dan mengisi semula, pendarahan submukosa yang bertaburan sering diperhatikan. Biopsi mendedahkan perubahan patologi dalam lapisan subepidermis, termasuk edema, kesesakan, telangiectasia, dan pendarahan interstisial perivaskular. Ia juga boleh membantu menolak beberapa karsinoma in situ dan lesi tuberkulosis. Dalam vulvitis setempat, lesi eritematous kecil terdapat pada vestibul lateral selaput dara, manakala lesi selebihnya adalah normal.
Cystitis akut juga disertai dengan gejala kerengsaan pundi kencing seperti kekerapan kencing, mendesak, dan disuria. Walau bagaimanapun, hematuria terminal adalah perkara biasa, dan air kencing mengandungi sejumlah besar sel darah putih; kultur air kencing akan mendedahkan bakteria. Sistitis kelenjar juga hadir dengan gejala kerengsaan pundi kencing seperti kekerapan kencing, mendesak, dan disuria. Walau bagaimanapun, pemeriksaan ultrasound mungkin mendedahkan penebalan dinding pundi kencing atau ruang-yang menempati lesi dalam pundi kencing. Cystoscopy mendedahkan struktur papillary dan bukannya ulser cetek, dan biopsi boleh mengesahkan diagnosis. Tuberkulosis pundi kencing juga boleh hadir sebagai ulser sebenar, selalunya menjejaskan kawasan sekitar orifis ureter di sebelah buah pinggang tuberkulosis. Pyuria mungkin berlaku, dan basil tubercle boleh didapati dalam air kencing. Pengimejan saluran kencing boleh menunjukkan perubahan tipikal ciri tuberkulosis buah pinggang. Ulser pundi kencing yang disebabkan oleh penyakit parasit menyerupai cystitis interstitial, dan secara amnya lebih biasa pada lelaki. Diagnosis boleh dibuat berdasarkan kehadiran telur parasit dalam air kencing atau ciri patologi pundi kencing yang tipikal. Cystitis tidak spesifik jarang hadir dengan ulser pundi kencing; sel nanah dan bakteria berjangkit biasanya ditemui dalam air kencing, dan rawatan antibiotik adalah berkesan.
